-
Melanotaenia affinis Allen, 1980
- Rhombatractus affinis Weber, 1907; (valid as)
- Rhombosoma sepikensis Herre, 1935; (vs)
- Melanotaenia affinis Allen, 1991
-
Melanotaenia ajamaruensis Allen & Cross, 1980
-
Melanotaenia angfa Allen, 1990
-
Melanotaenia arfakensis Allen, 1990
-
Melanotaenia batanta Allen & Renyaan, 1998
-
Melanotaenia boesemani Allen & Cross, 1980
-
Melanotaenia caerulea Allen, 1996
-
Melanotaenia catherinae Allen, 1980
- Rhombatractus catherinae de Beaufort, 1910; (valid as)
- Melanotaenia catherinae Allen, 1991
-
Melanotaenia corona Allen, 1980
- Melanotaenia corona Allen, 1982
-
Melanotaenia duboulayi Crowley et al., 1986
- Atherinichthys duboulayi Castelnau, 1878; (valid as)
- Aristeus lineatus Macleay, 1881; (synonym)
- Aristeus perporosus De Vis, 1884; (synonym)
-
Melanotaenia eachamensis Allen & Cross, 1982
-
Melanotaenia exquisita Allen, 1978
-
Melanotaenia fluviatilis Crowley et al., 1986
- Aristeus fluviatilis Castelnau, 1878; (valid as)
- Melanotaenia neglecta Rendahl, 1922; (synonym)
-
Melanotaenia fredericki Allen, 1990
- Charisella fredericki Fowler, 1939; (valid as)
-
Melanotaenia goldiei Macleay, 1883
- Rhombatractus archboldi Nichols & Raven; (vs)
- Aristeus goldiei Macleay, 1883; (valid as)
- Nematocentris novaeguineae Ramsay & Ogilby, 1886; (vs)
- Melanotaenia dumasi Weber, 1907; (vs)
- Melanotaenia dumasi Weber, 1908; (vs)
- Rhombatractus weberi Regan, 1908; (vs)
- Rhombatractus senckenbergianus Weber, 1911; (vs)
- Rhombosoma novaeguineae Regan, 1914; (valid as)
- Rhombatractus archboldi Nichols & Raven, 1934; (vs)
- Melanotaenia goldiei Allen, 1991
-
Melanotaenia gracilis Allen, 1978
-
Melanotaenia herbertaxelrodi Allen, 1981
-
Melanotaenia irianjaya Allen, 1985
-
Melanotaenia iris Allen, 1987
-
Melanotaenia japenensis Allen & Cross, 1980
-
Melanotaenia kamaka Allen & Renyaan, 1996
-
Melanotaenia lacustris Munro, 1964
-
Melanotaenia lakamora Allen & Renyaan, 1996
-
Melanotaenia maccullochi Ogilby, 1915
-
Melanotaenia maylandi Allen, 1983
-
Melanotaenia misoolensis Allen, 1982
-
Melanotaenia monticola Allen, 1980
-
Melanotaenia mubiensis Allen, 1996
-
Melanotaenia nigrans Gill, 1862
- Atherina nigrans Richardson, 1843; (valid as)
- Nematocentris nigricans Steindachner, 1867; (synonym)
- Zantecla pusilla Castelnau, 1873; (synonym)
- Melanotaenia nigrans Paxton et al., 1989
-
Melanotaenia ogilbyi Weber, 1910
-
Melanotaenia oktediensis Allen & Cross, 1980
-
Melanotaenia papuae Allen, 1981
-
Melanotaenia parkinsoni Allen, 1980
-
Melanotaenia parva Allen, 1990
-
Melanotaenia pierucciae Allen & Renyaan, 1996
-
Melanotaenia pimaensis Allen, 1981
-
Melanotaenia praecox Allen, 1980
- Rhombatractus praecox Weber & de Beaufort, 1922; (valid as)
- Melanotaenia praecox Allen, 1991
-
Melanotaenia pygmaea Allen, 1978
-
Melanotaenia rubripinnis Allen & Renyaan, 1998
-
Melanotaenia sexlineata Allen, 1980
- Nematocentris sexlineatus Munro, 1964; (valid as)
- Melanotaenia sexlineata Allen, 1991
-
Melanotaenia splendida Allen, 1980
- Nematocentris splendida Peters, 1866; (valid as)
- Strabo nigrofasciatus Kner & Steindachner, 1867; (synonym)
- Aristeus fitzroyensis Castelnau, 1878; (synonym)
- Aristeus rufescens Macleay, 1881; (synonym)
- Aristeus cavifrons Macleay, 1882; (synonym)
- Nematocentris winneckei Zietz, 1896; (synonym)
- Aidaprora carteri Whitley, 1935; (synonym)
- Melanotaenia solata Taylor, 1964; (synonym)
- Melanotaenia splendida Paxton et al., 1989
-
M. s. australis Allen, 1980
- Melanotaenia australis ; (valid as)
- Neoatherina australis Castelnau, 1875; (valid as)
- Melanotaenia splendida australis Paxton et al., 1989
-
M. s. inornata Allen, 1980
- Melanotaenia inornata ; (valid as)
- Aida inornata Castelnau, 1875; (valid as)
- Melanotaenia splendida inornata Paxton et al., 1989
-
M. s. rubrostriata Allen, 1980
- Nematocentris rubrostriatus Ramsay & Ogilby, 1886; (valid as)
- Aristeus loriae Perugia, 1894; (vs)
- Melanotaenia maculata Weber, 1907; (vs)
- Rhombatractus patoti Weber, 1907; (vs)
- Melanotaenia maculata Weber, 1908; (vs)
- Anisocentrus rubrostriatus Regan, 1914; (valid as)
- Amneris rubrostriata Whitley, 1935; (valid as)
-
M. s. tatei Allen, 1980
- Melanotaenia tatei authors; (valid as)
- Nematocentris tatei Zietz, 1896; (valid as)
- Melanotaenia splendida tatei Paxton et al., 1989
-
Melanotaenia sylvatica Allen, 1997
-
Melanotaenia trifasciata Allen, 1980
- Rhombosoma trifasciata Rendahl, 1922; (valid as)
- Melanotaenia trifasciata Paxton et al., 1989
-
Melanotaenia vanheurni Allen, 1980
- Rhombatractus vanheurni Weber & de Beaufort, 1922; (valid as)
- Melanotaenia vanheurni Allen, 1991